Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC20.42■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.42■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
ATG4BQ9Y4P1 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms