Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13 ms