Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

Predictions only

Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
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