Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
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