Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG3P49916 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG3P49916 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG3P49916 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG3P49916 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG3P49916 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG3P49916 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG3P49916 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG3P49916 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG3P49916 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG3P49916 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG3P49916 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG3P49916 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG3P49916 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG3P49916 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG3P49916 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG3P49916 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG3P49916 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG3P49916 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG3P49916 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG3P49916 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG3P49916 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG3P49916 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG3P49916 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG3P49916 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG3P49916 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG3P49916 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG3P49916 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG3P49916 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG3P49916 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG3P49916 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG3P49916 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG3P49916 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG3P49916 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG3P49916 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG3P49916 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG3P49916 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG3P49916 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG3P49916 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG3P49916 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG3P49916 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG3P49916 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG3P49916 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG3P49916 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG3P49916 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG3P49916 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG3P49916 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG3P49916 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG3P49916 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG3P49916 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG3P49916 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG3P49916 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG3P49916 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG3P49916 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG3P49916 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG3P49916 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG3P49916 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG3P49916 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG3P49916 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG3P49916 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG3P49916 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG3P49916 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG3P49916 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
LIG3P49916 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
LIG3P49916 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG3P49916 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms