Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
CUX1P39880 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC36.74■■■■□ 3.47
CUX1P39880 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC36.73■■■■□ 3.47
CUX1P39880 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.73■■■■□ 3.47
CUX1P39880 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC36.73■■■■□ 3.47
CUX1P39880 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.73■■■■□ 3.47
CUX1P39880 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC36.72■■■■□ 3.47
CUX1P39880 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC36.72■■■■□ 3.47
CUX1P39880 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
CUX1P39880 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC36.72■■■■□ 3.47
CUX1P39880 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
CUX1P39880 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC36.72■■■■□ 3.47
CUX1P39880 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
CUX1P39880 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
CUX1P39880 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.71■■■■□ 3.47
CUX1P39880 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC36.71■■■■□ 3.47
CUX1P39880 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.71■■■■□ 3.47
CUX1P39880 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC36.71■■■■□ 3.47
CUX1P39880 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC36.71■■■■□ 3.47
CUX1P39880 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.71■■■■□ 3.47
CUX1P39880 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.71■■■■□ 3.47
CUX1P39880 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC36.71■■■■□ 3.47
CUX1P39880 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.71■■■■□ 3.47
CUX1P39880 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.71■■■■□ 3.47
CUX1P39880 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC36.71■■■■□ 3.47
CUX1P39880 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.71■■■■□ 3.47
CUX1P39880 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.7■■■■□ 3.47
CUX1P39880 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC36.7■■■■□ 3.47
CUX1P39880 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC36.7■■■■□ 3.47
CUX1P39880 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC36.7■■■■□ 3.47
CUX1P39880 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
CUX1P39880 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC36.7■■■■□ 3.47
CUX1P39880 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
CUX1P39880 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC36.69■■■■□ 3.46
CUX1P39880 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC36.69■■■■□ 3.46
CUX1P39880 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC36.69■■■■□ 3.46
CUX1P39880 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
CUX1P39880 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
CUX1P39880 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
CUX1P39880 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
CUX1P39880 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC36.68■■■■□ 3.46
CUX1P39880 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC36.68■■■■□ 3.46
CUX1P39880 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC36.68■■■■□ 3.46
CUX1P39880 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC36.68■■■■□ 3.46
CUX1P39880 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC36.68■■■■□ 3.46
CUX1P39880 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC36.68■■■■□ 3.46
CUX1P39880 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC36.68■■■■□ 3.46
CUX1P39880 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
CUX1P39880 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
CUX1P39880 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC36.67■■■■□ 3.46
CUX1P39880 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.67■■■■□ 3.46
CUX1P39880 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC36.67■■■■□ 3.46
CUX1P39880 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC36.67■■■■□ 3.46
CUX1P39880 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC36.67■■■■□ 3.46
CUX1P39880 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC36.67■■■■□ 3.46
CUX1P39880 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
CUX1P39880 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
CUX1P39880 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.66■■■■□ 3.46
CUX1P39880 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
CUX1P39880 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC36.66■■■■□ 3.46
CUX1P39880 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC36.66■■■■□ 3.46
CUX1P39880 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
CUX1P39880 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
CUX1P39880 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
CUX1P39880 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.66■■■■□ 3.46
CUX1P39880 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
CUX1P39880 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC36.65■■■■□ 3.46
CUX1P39880 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC36.65■■■■□ 3.46
CUX1P39880 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC36.65■■■■□ 3.46
CUX1P39880 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC36.65■■■■□ 3.46
CUX1P39880 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.65■■■■□ 3.46
CUX1P39880 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC36.64■■■■□ 3.46
CUX1P39880 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.64■■■■□ 3.46
CUX1P39880 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC36.64■■■■□ 3.46
CUX1P39880 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC36.64■■■■□ 3.46
CUX1P39880 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
CUX1P39880 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC36.63■■■■□ 3.46
CUX1P39880 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
CUX1P39880 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
CUX1P39880 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
CUX1P39880 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC36.63■■■■□ 3.45
CUX1P39880 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC36.63■■■■□ 3.45
CUX1P39880 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
CUX1P39880 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
CUX1P39880 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC36.62■■■■□ 3.45
CUX1P39880 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
CUX1P39880 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC36.62■■■■□ 3.45
CUX1P39880 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC36.62■■■■□ 3.45
CUX1P39880 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC36.62■■■■□ 3.45
CUX1P39880 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC36.62■■■■□ 3.45
CUX1P39880 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.62■■■■□ 3.45
CUX1P39880 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
CUX1P39880 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
CUX1P39880 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.61■■■■□ 3.45
CUX1P39880 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
CUX1P39880 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC36.61■■■■□ 3.45
CUX1P39880 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC36.61■■■■□ 3.45
CUX1P39880 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC36.61■■■■□ 3.45
CUX1P39880 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC36.61■■■■□ 3.45
CUX1P39880 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC36.61■■■■□ 3.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms