Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC27.64■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL5A3P25940 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
COL5A3P25940 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL5A3P25940 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL5A3P25940 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms