Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC28.76■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC28.76■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC28.76■■■□□ 2.2
COL3A1P02461 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.8 ms