Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC37.99■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC37.99■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.98■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.98■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC37.98■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC37.98■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.98■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC37.98■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.98■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.98■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC37.98■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.97■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC37.97■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC37.97■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC37.97■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC37.96■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC37.96■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC37.96■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC37.95■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC37.95■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC37.95■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC37.95■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.67
CCDC88BA6NC98 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.94■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.94■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC37.94■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC37.94■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC37.94■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.94■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.93■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC37.93■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC37.93■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC37.93■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC37.92■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC37.92■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.91■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.91■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.91■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC37.9■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.9■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC37.9■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC37.9■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC37.9■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.89■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.89■■■■□ 3.66
CCDC88BA6NC98 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC37.88■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.88■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.88■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC37.88■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC37.88■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC37.88■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC37.88■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC37.88■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.88■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC37.88■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC37.88■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC37.87■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.87■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.86■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC37.86■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC37.86■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC37.86■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC37.86■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.86■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC37.85■■■■□ 3.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms