Protein–RNA interactions for Protein: O60508

CDC40, Pre-mRNA-processing factor 17, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 579 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDC40O60508 SNX1-211ENST00000560829 1869 ntTSL 5 BASIC11.78□□□□□ -0.522e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SNX1-201ENST00000261889 3373 ntTSL 2 BASIC11.75□□□□□ -0.532e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SPATA20-208ENST00000504334 3539 ntTSL 211.62□□□□□ -0.552e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SPATA20-204ENST00000503063 3232 ntTSL 211.32□□□□□ -0.62e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 MTA1-219ENST00000551236 461 ntTSL 311.14□□□□□ -0.632e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 GAS8-220ENST00000620723 3308 ntTSL 2 BASIC11.14□□□□□ -0.632e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TEX22-202ENST00000548638 508 ntTSL 510.91□□□□□ -0.662e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SNX1-204ENST00000559061 550 ntTSL 510.38□□□□□ -0.752e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 B3GNTL1-202ENST00000570947 390 ntTSL 310.24□□□□□ -0.772e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 HNRNPA1-206ENST00000547708 530 ntTSL 49.98□□□□□ -0.812e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 GAS8-214ENST00000566266 3174 ntTSL 1 (best)9.85□□□□□ -0.832e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 POLR3A-205ENST00000616246 1668 ntTSL 1 (best) BASIC9.81□□□□□ -0.846e-12■■■■■ 31.7
CDC40O60508 HNRNPA1-203ENST00000546500 4121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.6□□□□□ -0.872e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SNX1-202ENST00000380285 8119 ntTSL 1 (best)9.37□□□□□ -0.912e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 GAS8-219ENST00000569558 3856 ntTSL 29.23□□□□□ -0.932e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 POLR3A-201ENST00000372371 6640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.16□□□□□ -0.946e-12■■■■■ 31.7
CDC40O60508 GAS8-205ENST00000561675 486 ntTSL 38.83□□□□□ -12e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 CLTC-201ENST00000269122 7760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.07□□□□□ -1.122e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 GAS8-207ENST00000564392 479 ntTSL 37.87□□□□□ -1.152e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 ANKMY1-211ENST00000407275 252 ntTSL 37.67□□□□□ -1.182e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 HNRNPA1-204ENST00000547276 1539 ntTSL 1 (best) BASIC7.52□□□□□ -1.22e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 KIAA0232-202ENST00000425103 7771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.21□□□□□ -1.252e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 HNRNPA1-208ENST00000548688 711 ntTSL 36.74□□□□□ -1.332e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 CLTC-210ENST00000579456 2301 ntTSL 5 BASIC6.35□□□□□ -1.392e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 KIAA0232-201ENST00000307659 7841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.21□□□□□ -1.412e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 AC078778.2-201ENST00000553061 567 ntTSL 5 BASIC6.14□□□□□ -1.432e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 CLTC-205ENST00000472651 665 ntTSL 24.69□□□□□ -1.662e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 KIAA0232-204ENST00000503278 563 ntTSL 43.24□□□□□ -1.892e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 CLTC-208ENST00000496076 678 ntTSL 22.54□□□□□ -22e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 GMDS-AS1-203ENST00000524770 565 ntTSL 318.31■□□□□ 0.523e-7■■■■■ 31.4
CDC40O60508 GMDS-AS1-209ENST00000532124 629 ntTSL 418.31■□□□□ 0.523e-7■■■■■ 31.4
CDC40O60508 GMDS-AS1-206ENST00000530346 594 ntTSL 416.65■□□□□ 0.263e-7■■■■■ 31.4
CDC40O60508 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.083e-7■■■■■ 31.4
CDC40O60508 GMDS-AS1-208ENST00000531092 744 ntTSL 312.32□□□□□ -0.443e-7■■■■■ 31.4
CDC40O60508 GMDS-AS1-213ENST00000534441 738 ntTSL 3 BASIC9.66□□□□□ -0.863e-7■■■■■ 31.4
CDC40O60508 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.611e-6■■■■■ 31.1
CDC40O60508 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.431e-6■■■■■ 31.1
CDC40O60508 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.181e-6■■■■■ 31.1
CDC40O60508 ZNF331-221ENST00000514022 913 ntTSL 213.22□□□□□ -0.291e-6■■■■■ 31.1
CDC40O60508 ZNF331-211ENST00000509047 670 ntTSL 313.15□□□□□ -0.31e-6■■■■■ 31.1
CDC40O60508 ZNF331-209ENST00000505426 688 ntTSL 212.58□□□□□ -0.41e-6■■■■■ 31.1
CDC40O60508 ZNF331-215ENST00000511567 540 ntTSL 412.13□□□□□ -0.471e-6■■■■■ 31.1
CDC40O60508 ZNF331-207ENST00000504493 641 ntTSL 1 (best)11.53□□□□□ -0.561e-6■■■■■ 31.1
CDC40O60508 ZNF331-213ENST00000509585 562 ntTSL 511.05□□□□□ -0.641e-6■■■■■ 31.1
CDC40O60508 ZNF331-218ENST00000513265 739 ntTSL 3 BASIC10.72□□□□□ -0.691e-6■■■■■ 31.1
CDC40O60508 ZNF331-210ENST00000505949 761 ntTSL 510.72□□□□□ -0.691e-6■■■■■ 31.1
CDC40O60508 ZNF331-204ENST00000502248 670 ntTSL 1 (best)10.08□□□□□ -0.81e-6■■■■■ 31.1
CDC40O60508 ZNF331-220ENST00000513999 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.57□□□□□ -0.881e-6■■■■■ 31.1
CDC40O60508 ZNF331-205ENST00000502616 573 ntTSL 1 (best)7.82□□□□□ -1.161e-6■■■■■ 31.1
CDC40O60508 ZNF331-216ENST00000511593 1985 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.65□□□□□ -1.181e-6■■■■■ 31.1
CDC40O60508 ZNF331-222ENST00000514374 574 ntTSL 47.48□□□□□ -1.211e-6■■■■■ 31.1
CDC40O60508 ZNF331-203ENST00000449416 3817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.06□□□□□ -1.281e-6■■■■■ 31.1
CDC40O60508 TOM1-205ENST00000424387 2211 ntTSL 516.25■□□□□ 0.196e-7■■■■■ 30.9
CDC40O60508 TOM1-210ENST00000449058 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.046e-7■■■■■ 30.9
CDC40O60508 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.036e-7■■■■■ 30.9
CDC40O60508 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.086e-7■■■■■ 30.9
CDC40O60508 TOM1-206ENST00000425375 2252 ntTSL 2 BASIC14.45□□□□□ -0.16e-7■■■■■ 30.9
CDC40O60508 TOM1-209ENST00000447733 2317 ntTSL 2 BASIC14.3□□□□□ -0.126e-7■■■■■ 30.9
CDC40O60508 TOM1-203ENST00000404284 2622 ntTSL 214.12□□□□□ -0.156e-7■■■■■ 30.9
CDC40O60508 ATF7IP2-209ENST00000562396 1681 nt20.57■□□□□ 0.883e-8■■■■■ 30.9
CDC40O60508 ATF7IP2-216ENST00000569900 559 ntTSL 415.13■□□□□ 0.013e-8■■■■■ 30.9
CDC40O60508 ATF7IP2-207ENST00000561932 538 ntTSL 414.1□□□□□ -0.153e-8■■■■■ 30.9
CDC40O60508 ATF7IP2-205ENST00000535850 1907 ntTSL 29.36□□□□□ -0.913e-8■■■■■ 30.9
CDC40O60508 ATF7IP2-210ENST00000562527 625 ntTSL 39.31□□□□□ -0.923e-8■■■■■ 30.9
CDC40O60508 ATF7IP2-217ENST00000569939 564 ntTSL 48.05□□□□□ -1.123e-8■■■■■ 30.9
CDC40O60508 ATF7IP2-203ENST00000396559 3641 ntTSL 2 BASIC6.23□□□□□ -1.413e-8■■■■■ 30.9
CDC40O60508 ATF7IP2-204ENST00000396560 3665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.86□□□□□ -1.473e-8■■■■■ 30.9
CDC40O60508 ATF7IP2-208ENST00000562102 558 ntTSL 45.26□□□□□ -1.573e-8■■■■■ 30.9
CDC40O60508 ATF7IP2-211ENST00000564797 450 ntTSL 34.19□□□□□ -1.743e-8■■■■■ 30.9
CDC40O60508 ATF7IP2-206ENST00000543967 998 ntTSL 2 BASIC2.69□□□□□ -1.983e-8■■■■■ 30.9
CDC40O60508 ATF7IP2-214ENST00000566316 576 ntTSL 20.28□□□□□ -2.363e-8■■■■■ 30.9
CDC40O60508 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.692e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PSMC5-203ENST00000578570 1680 ntTSL 219.31■□□□□ 0.682e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PSMC5-215ENST00000583283 602 ntTSL 418.28■□□□□ 0.522e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.472e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.362e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PSMC5-210ENST00000581764 2107 ntTSL 516.92■□□□□ 0.32e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PRMT1-216ENST00000530361 866 ntTSL 316.07■□□□□ 0.162e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.082e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.062e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PSMC5-209ENST00000580864 1552 ntTSL 5 BASIC14.17□□□□□ -0.142e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PSMC5-213ENST00000582130 828 ntTSL 314.06□□□□□ -0.162e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 ARHGAP35-206ENST00000614079 7696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.222e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PSMC5-214ENST00000582420 394 ntTSL 413.45□□□□□ -0.262e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PSMC5-217ENST00000584536 804 ntTSL 513.09□□□□□ -0.312e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PSMC5-216ENST00000584320 804 ntTSL 512.68□□□□□ -0.382e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PSMC5-220ENST00000585123 899 ntTSL 512.6□□□□□ -0.392e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PSMC5-201ENST00000310144 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.03□□□□□ -0.482e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PSMC5-205ENST00000579147 2586 ntTSL 211.42□□□□□ -0.582e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PSMC5-206ENST00000579708 558 ntTSL 49.89□□□□□ -0.832e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PSMC5-211ENST00000581842 809 ntTSL 59.16□□□□□ -0.942e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 PSMC5-221ENST00000585242 1178 ntTSL 58.93□□□□□ -0.982e-8■■■■■ 30.7
CDC40O60508 CTBP1-214ENST00000514495 564 ntTSL 225.67■■□□□ 1.71e-6■■■■■ 30.5
CDC40O60508 CTBP1-217ENST00000515399 985 ntTSL 318.07■□□□□ 0.481e-6■■■■■ 30.5
CDC40O60508 CTBP1-212ENST00000513420 704 ntTSL 313.73□□□□□ -0.211e-6■■■■■ 30.5
CDC40O60508 MAD1L1-205ENST00000421113 564 ntTSL 418.16■□□□□ 0.54e-6■■■■■ 30.4
CDC40O60508 MAD1L1-210ENST00000444373 535 ntTSL 414.18□□□□□ -0.144e-6■■■■■ 30.4
CDC40O60508 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.256e-7■■■■■ 30.4
CDC40O60508 NOL4L-208ENST00000475781 1127 ntTSL 515.4■□□□□ 0.066e-7■■■■■ 30.4
CDC40O60508 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.026e-7■■■■■ 30.4
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