Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms