Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC39Q9UFE4 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.8 ms