Protein–RNA interactions for Protein: Q9HC56

PCDH9, Protocadherin-9, humanhuman

Predictions only

Length 1,237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH9Q9HC56 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
PCDH9Q9HC56 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
PCDH9Q9HC56 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
PCDH9Q9HC56 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
PCDH9Q9HC56 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
PCDH9Q9HC56 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
PCDH9Q9HC56 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
PCDH9Q9HC56 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
PCDH9Q9HC56 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
PCDH9Q9HC56 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
PCDH9Q9HC56 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
PCDH9Q9HC56 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
PCDH9Q9HC56 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
PCDH9Q9HC56 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
PCDH9Q9HC56 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDH9Q9HC56 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
PCDH9Q9HC56 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
PCDH9Q9HC56 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCDH9Q9HC56 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCDH9Q9HC56 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCDH9Q9HC56 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCDH9Q9HC56 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms