Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
NKX2-4Q9H2Z4 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX2-4Q9H2Z4 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms