Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0E7

USP44, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 44, humanhuman

Predictions only

Length 712 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP44Q9H0E7 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
USP44Q9H0E7 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP44Q9H0E7 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
USP44Q9H0E7 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms