Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC42Q96M95 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.4 ms