Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.4 ms