Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC21■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC21■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC21■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP53Q70EK8 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms