Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms