Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIG3P49916 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIG3P49916 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
LIG3P49916 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIG3P49916 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIG3P49916 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIG3P49916 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
LIG3P49916 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIG3P49916 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIG3P49916 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIG3P49916 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIG3P49916 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIG3P49916 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
LIG3P49916 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIG3P49916 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIG3P49916 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIG3P49916 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIG3P49916 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIG3P49916 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
LIG3P49916 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIG3P49916 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIG3P49916 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIG3P49916 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIG3P49916 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIG3P49916 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIG3P49916 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIG3P49916 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIG3P49916 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIG3P49916 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIG3P49916 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIG3P49916 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIG3P49916 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIG3P49916 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIG3P49916 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIG3P49916 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIG3P49916 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIG3P49916 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIG3P49916 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIG3P49916 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIG3P49916 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
LIG3P49916 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIG3P49916 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIG3P49916 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIG3P49916 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIG3P49916 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIG3P49916 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIG3P49916 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIG3P49916 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIG3P49916 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIG3P49916 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIG3P49916 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIG3P49916 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIG3P49916 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIG3P49916 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIG3P49916 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIG3P49916 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIG3P49916 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIG3P49916 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIG3P49916 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
LIG3P49916 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIG3P49916 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG3P49916 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG3P49916 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG3P49916 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG3P49916 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG3P49916 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG3P49916 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG3P49916 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG3P49916 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG3P49916 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG3P49916 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG3P49916 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG3P49916 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG3P49916 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG3P49916 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG3P49916 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG3P49916 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG3P49916 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG3P49916 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms