Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
CUX1P39880 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.89■■■■□ 3.5
CUX1P39880 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC36.89■■■■□ 3.5
CUX1P39880 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.88■■■■□ 3.49
CUX1P39880 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC36.88■■■■□ 3.49
CUX1P39880 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC36.88■■■■□ 3.49
CUX1P39880 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC36.88■■■■□ 3.49
CUX1P39880 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC36.88■■■■□ 3.49
CUX1P39880 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.88■■■■□ 3.49
CUX1P39880 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC36.88■■■■□ 3.49
CUX1P39880 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC36.88■■■■□ 3.49
CUX1P39880 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.88■■■■□ 3.49
CUX1P39880 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC36.87■■■■□ 3.49
CUX1P39880 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC36.87■■■■□ 3.49
CUX1P39880 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.87■■■■□ 3.49
CUX1P39880 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC36.86■■■■□ 3.49
CUX1P39880 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC36.86■■■■□ 3.49
CUX1P39880 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
CUX1P39880 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
CUX1P39880 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
CUX1P39880 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
CUX1P39880 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
CUX1P39880 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
CUX1P39880 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
CUX1P39880 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
CUX1P39880 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC36.85■■■■□ 3.49
CUX1P39880 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
CUX1P39880 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
CUX1P39880 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC36.85■■■■□ 3.49
CUX1P39880 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC36.84■■■■□ 3.49
CUX1P39880 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
CUX1P39880 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
CUX1P39880 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
CUX1P39880 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC36.84■■■■□ 3.49
CUX1P39880 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
CUX1P39880 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
CUX1P39880 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
CUX1P39880 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
CUX1P39880 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
CUX1P39880 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC36.83■■■■□ 3.49
CUX1P39880 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC36.83■■■■□ 3.49
CUX1P39880 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
CUX1P39880 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.82■■■■□ 3.49
CUX1P39880 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.82■■■■□ 3.49
CUX1P39880 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC36.82■■■■□ 3.48
CUX1P39880 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC36.82■■■■□ 3.48
CUX1P39880 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC36.82■■■■□ 3.48
CUX1P39880 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC36.82■■■■□ 3.48
CUX1P39880 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC36.82■■■■□ 3.48
CUX1P39880 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC36.82■■■■□ 3.48
CUX1P39880 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC36.82■■■■□ 3.48
CUX1P39880 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.81■■■■□ 3.48
CUX1P39880 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.81■■■■□ 3.48
CUX1P39880 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.81■■■■□ 3.48
CUX1P39880 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.81■■■■□ 3.48
CUX1P39880 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC36.81■■■■□ 3.48
CUX1P39880 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.81■■■■□ 3.48
CUX1P39880 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC36.81■■■■□ 3.48
CUX1P39880 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.81■■■■□ 3.48
CUX1P39880 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
CUX1P39880 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
CUX1P39880 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
CUX1P39880 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC36.8■■■■□ 3.48
CUX1P39880 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC36.8■■■■□ 3.48
CUX1P39880 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC36.8■■■■□ 3.48
CUX1P39880 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
CUX1P39880 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC36.8■■■■□ 3.48
CUX1P39880 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC36.8■■■■□ 3.48
CUX1P39880 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.8■■■■□ 3.48
CUX1P39880 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC36.8■■■■□ 3.48
CUX1P39880 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC36.79■■■■□ 3.48
CUX1P39880 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.79■■■■□ 3.48
CUX1P39880 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.79■■■■□ 3.48
CUX1P39880 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.79■■■■□ 3.48
CUX1P39880 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC36.79■■■■□ 3.48
CUX1P39880 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC36.79■■■■□ 3.48
CUX1P39880 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
CUX1P39880 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
CUX1P39880 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC36.78■■■■□ 3.48
CUX1P39880 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC36.78■■■■□ 3.48
CUX1P39880 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC36.78■■■■□ 3.48
CUX1P39880 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.78■■■■□ 3.48
CUX1P39880 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
CUX1P39880 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
CUX1P39880 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
CUX1P39880 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
CUX1P39880 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.77■■■■□ 3.48
CUX1P39880 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC36.76■■■■□ 3.48
CUX1P39880 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC36.76■■■■□ 3.48
CUX1P39880 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.76■■■■□ 3.48
CUX1P39880 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.76■■■■□ 3.47
CUX1P39880 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC36.76■■■■□ 3.47
CUX1P39880 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC36.75■■■■□ 3.47
CUX1P39880 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC36.75■■■■□ 3.47
CUX1P39880 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.75■■■■□ 3.47
CUX1P39880 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.75■■■■□ 3.47
CUX1P39880 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC36.75■■■■□ 3.47
CUX1P39880 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC36.75■■■■□ 3.47
CUX1P39880 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
CUX1P39880 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 121.9 ms