Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXC11O43248 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC11O43248 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC11O43248 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC11O43248 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC11O43248 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC11O43248 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC11O43248 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC11O43248 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC11O43248 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC11O43248 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC11O43248 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC11O43248 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms