Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC39Q9UFE4 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC39Q9UFE4 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms