Protein–RNA interactions for Protein: Q9NT62

ATG3, Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3, humanhuman

Predictions only

Length 314 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG3Q9NT62 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC28.11■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
ATG3Q9NT62 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms