Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM56Q9BRZ2 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 211.6 ms