Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms