Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC29.93■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC29.93■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC29.92■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC29.92■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC29.92■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC29.92■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC29.9■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC29.9■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC29.9■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC29.89■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.89■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC29.88■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC29.87■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.86■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.84■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC29.84■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC29.84■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC29.84■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
NPHP3Q7Z494 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC29.82■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC29.81■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC29.81■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC29.81■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.81■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC29.8■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms