Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG3P49916 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG3P49916 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG3P49916 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG3P49916 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG3P49916 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG3P49916 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG3P49916 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG3P49916 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIG3P49916 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIG3P49916 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
LIG3P49916 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIG3P49916 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIG3P49916 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG3P49916 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG3P49916 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG3P49916 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG3P49916 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG3P49916 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG3P49916 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG3P49916 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG3P49916 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG3P49916 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG3P49916 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG3P49916 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG3P49916 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG3P49916 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG3P49916 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG3P49916 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG3P49916 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG3P49916 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG3P49916 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG3P49916 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG3P49916 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG3P49916 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG3P49916 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG3P49916 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG3P49916 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG3P49916 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG3P49916 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG3P49916 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG3P49916 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG3P49916 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG3P49916 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG3P49916 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG3P49916 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG3P49916 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG3P49916 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG3P49916 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG3P49916 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG3P49916 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG3P49916 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG3P49916 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG3P49916 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG3P49916 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG3P49916 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG3P49916 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG3P49916 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG3P49916 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG3P49916 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG3P49916 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG3P49916 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG3P49916 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG3P49916 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIG3P49916 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIG3P49916 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIG3P49916 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIG3P49916 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIG3P49916 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIG3P49916 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIG3P49916 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIG3P49916 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIG3P49916 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIG3P49916 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIG3P49916 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIG3P49916 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIG3P49916 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIG3P49916 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIG3P49916 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIG3P49916 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIG3P49916 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIG3P49916 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIG3P49916 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms