Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
SCN4AP35499 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC26.14■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SCN4AP35499 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC26.14■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms