Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms