Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS28Q9UK41 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.3 ms