Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC42Q96M95 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms