Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP4Q13107 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP4Q13107 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP4Q13107 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP4Q13107 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP4Q13107 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP4Q13107 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
USP4Q13107 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP4Q13107 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP4Q13107 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
USP4Q13107 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP4Q13107 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
USP4Q13107 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP4Q13107 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP4Q13107 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP4Q13107 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP4Q13107 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP4Q13107 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP4Q13107 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
USP4Q13107 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP4Q13107 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP4Q13107 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP4Q13107 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP4Q13107 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
USP4Q13107 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP4Q13107 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
USP4Q13107 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP4Q13107 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP4Q13107 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP4Q13107 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP4Q13107 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP4Q13107 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP4Q13107 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
USP4Q13107 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP4Q13107 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP4Q13107 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP4Q13107 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP4Q13107 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP4Q13107 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP4Q13107 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP4Q13107 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP4Q13107 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP4Q13107 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP4Q13107 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP4Q13107 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP4Q13107 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP4Q13107 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP4Q13107 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP4Q13107 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
USP4Q13107 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP4Q13107 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP4Q13107 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP4Q13107 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP4Q13107 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP4Q13107 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP4Q13107 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP4Q13107 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP4Q13107 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP4Q13107 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP4Q13107 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP4Q13107 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP4Q13107 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP4Q13107 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP4Q13107 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP4Q13107 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP4Q13107 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP4Q13107 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP4Q13107 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
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