Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

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Length 833 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
IFT88Q13099 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.11
IFT88Q13099 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
IFT88Q13099 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
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