Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
COL7A1Q02388 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms