Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXA4Q00056 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms