Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
VPS54Q9P1Q0 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms