Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS53Q5VIR6 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC26.39■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS53Q5VIR6 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms