Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms