Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A1P20849 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms