Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC25.84■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms