Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS4AQ9UN37 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms