Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQT5

EXOSC3, Exosome complex component RRP40, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 275 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC3Q9NQT5 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
EXOSC3Q9NQT5 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms