Protein–RNA interactions for Protein: Q9HC56

PCDH9, Protocadherin-9, humanhuman

Predictions only

Length 1,237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH9Q9HC56 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC22.7■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
PCDH9Q9HC56 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCDH9Q9HC56 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms