Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC28BQ9BUN5 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms