Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms