Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms