Protein–RNA interactions for Protein: P78367

NKX3-2, Homeobox protein Nkx-3.2, humanhuman

Predictions only

Length 333 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX3-2P78367 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
NKX3-2P78367 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
NKX3-2P78367 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
NKX3-2P78367 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
NKX3-2P78367 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
NKX3-2P78367 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
NKX3-2P78367 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
NKX3-2P78367 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
NKX3-2P78367 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
NKX3-2P78367 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
NKX3-2P78367 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
NKX3-2P78367 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC24.53■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NKX3-2P78367 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NKX3-2P78367 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms