Protein–RNA interactions for Protein: P49917

LIG4, DNA ligase 4, humanhuman

Predictions only

Length 911 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG4P49917 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG4P49917 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG4P49917 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG4P49917 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG4P49917 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG4P49917 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG4P49917 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG4P49917 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG4P49917 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG4P49917 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG4P49917 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG4P49917 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG4P49917 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG4P49917 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG4P49917 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG4P49917 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG4P49917 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG4P49917 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG4P49917 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG4P49917 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG4P49917 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG4P49917 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG4P49917 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG4P49917 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG4P49917 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG4P49917 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG4P49917 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG4P49917 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG4P49917 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG4P49917 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG4P49917 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG4P49917 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG4P49917 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG4P49917 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG4P49917 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG4P49917 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG4P49917 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG4P49917 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG4P49917 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG4P49917 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG4P49917 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG4P49917 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG4P49917 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG4P49917 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG4P49917 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG4P49917 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG4P49917 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG4P49917 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG4P49917 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG4P49917 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG4P49917 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG4P49917 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG4P49917 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG4P49917 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG4P49917 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG4P49917 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG4P49917 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG4P49917 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG4P49917 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG4P49917 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG4P49917 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG4P49917 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG4P49917 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG4P49917 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG4P49917 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG4P49917 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG4P49917 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG4P49917 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG4P49917 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG4P49917 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG4P49917 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIG4P49917 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
LIG4P49917 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIG4P49917 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIG4P49917 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
LIG4P49917 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
LIG4P49917 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
LIG4P49917 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC24■■□□□ 1.43
LIG4P49917 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIG4P49917 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
LIG4P49917 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIG4P49917 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIG4P49917 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms