Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC29.52■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC29.49■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC29.49■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC29.49■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC29.47■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC29.46■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
HOXC9P31274 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC29.43■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC29.41■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms